والعنصر الثاني من عناصر الجهاز المعرفي الإسلامي هو المصطلح. فقد أدرك علماء الإسلام أهمية المصطلح العلمي، وقيمته في اختزان المعلومات والتعبير عنها، وحفظ الأصالة الفكرية، فأستأثر باهتمامهم وضع المصطلحات، وتعريفها بدقة علمية وفنية فائقة، فبرعوا في هذا المجال، وامتلكوا ثروة فكرية عملاقة من المصطلحات والمعاني المختزنة فيها .
والمصطلح هو اللّفظ الذي يصطلح عليه بين أهل عرف، أو اختصاص ليدل على معنى معين عندهم، يتبادر إلى الذهن عند اطلاق ذلك اللّفظ، كمصطلح القياس والاستقراء والحادث والبَداء والتأويل والسياسة... الخ. ونجد تلك الثروة العلمية والفنية في كلّ علم من العلوم والمعارف التي اشتغل فيها المسلمون، كعلوم العقيدة والفلسفة والفقه والحديث واُصول الفقه والتفسير وعلوم القرآن وغيرها من العلوم الإسلامية. كما وضعوا المصطلحات العلمية في مجال الأبحاث والدراسات الطبيعية والرياضية وعلوم الأحياء والفلك وغيرها ... الخ.