والمنهج الثاني من مناهج التعامل مع النصّ هو المنهج الباطني الذي عبث بمعاني القرآن وحرّفها عن قصد وتخطيط، ومثّل الغلاة هذا الاتجاه بشكل خطر وهدّام، كما مثّلته بعض الإتجاهات الباطنية المنحرفة .