وهو المنهج الذي آمن بدور العقل في فهم النصّ ، والإكتشاف منه ضمن ضوابط فهم ومنهج علمي يعتمد على دلالات القرآن نفسه ، محتجِّين بآيات عديدة من القرآن ، كقوله تعالى : (أَفَلاَ يَتَدَبَّرُونَ القُرْآنَ أَمْ عَلَى قُلُوب أَقْفَالُها )(76)، وهو غير المنهج الفلسفي الذي يتعامل مع النصّ من مسلّمات فلسفية .
ويتكامل هذا المنهج مع المنهج الذي سبقه في مدرسة أهل البيت (عليهم السلام) . وقد دافع الشيخ الطوسي في مقدّمة تفسيره التبيان دفاعاً حارّاً عن هذا المنهج ، ننقل بعضاً من قوله الوارد في هذا المجال، قال :
«وقد مدح الله أقواماً على إستخراج معاني القرآن فقال: (لَعَلِمَهُ الَّذينَ يَسْتَنْبِطُونَهُ مِنْهُم )(77)، وقال في قوم يذمّهم حيث لم يتدبّروا القرآن، ولم يتفكّروا في معانيه: (أَفَلاَ يَتَدَبَّرُونَ القُرْآنَ أَمْ عَلَى قُلُوب أَقْفَالُها )».