في هذه المرحلة المضطربة حدثت الثورة العلوية الّتي قادها يحيى بن عمر بن يحيى بن زيد بن عليّ بن الحسين بن عليّ بن أبي طالب سنة (250 هـ ) .
وكان سبب هذه الثورة هو التضييق وسوء المعاملة الّتي عامل بها عمر بن الفَرَج، المسؤول عن شؤون الطالبيين أيّام المتوكِّل ، يحيى بن عمر الطالبي ، فقد أغلظ عمر ابن الفرج القول ، فردّ عليه يحيى وشنعه ، فشكا أمره إلى المتوكِّل العباسي ، فأمر به فضُرب وحُبس ، وبقي مدّة في الحبس حتّى كفله أهله ، فأُطلِقَ سراحُهُ ، فاتّجه إلى بغداد ، وعرض أمره على وصيف التركي ، وكلّمه في حقوقه المالية ، فأغلظَ وصيفٌ له القول ، وقال له : لايّ شيء يُجرى لمثلِكَ ؟
فلمّا لم يلقَ استجابةً ولا احتراماً ولا أمناً من اُولئك المتسلِّطين ، اتّجه إلى الكوفة ، ولم يجد غير العنف والقوّة والكفاح أسلوباً لانتزاع الحقّ ، فبدأ هناك يَعُدّ ويُخطّطُ للثورة ، ويجمع الاعوان والانصار ، ويدعو إلى الرضا من آل محمّد (ص) ، أي إلى المؤهّل إلى الزعامة والخلافة من آل محمّد (ص) ، وكان هذا الشعار هو شعار الثوّار الطالبيين بشكل عام ، وكثيراً ما كان المعني بهذا الشعار هم الائمّة من أهل البيت (ع) ، ولعلّ الّذي كان معنياً في هذه الفترة هو الامام عليّ الهادي (ع) .
فانطلق يحيى وتوجّه نحو الفلّوجة (غرب العراق) ثمّ أعلن ثورته في الكوفة ، وتمّ له النصرُ ، وفتح السجونَ وأخرج مَن فيها ، وسيطرَ على بيت المال ـ وكان فيه ألفا دينار وسبعون ألف درهم ـ وأيّده جمهور الناس والعامّة في بغداد ، ثمّ بدأ زحفه على القوّات العباسية ، وحدث اللقاء بينهما ودارت المعركة خارج الكوفة بمنطقة تدعى (شاهي) فقُتِلَ يحيى ، وانكسر جيشُهُ ، وحُمل رأسه إلى المستعين ، ونُصِبَ رأسُهُ بسامرّاء ، نكاية به وإرهاباً للثوّار ، إلاّ أ نّه لم يبق إلاّ لحظة كما قيل ، فرفعه ووجّهه إلى بغداد ليُنصبَ فيها ، إلاّ أنّ سخط الرأي العام واستياء الناس وكثرة اجتماعهم ، أخافَ الخليفةَ العباسي فوضع رأسَهُ في صندوق وحجزَهُ في بيت السلاح .
وجلس محمّد بن عبدالله ((63)) للتهنئة بالنصر ، فدخل عليه داود بن الهيثم ، أبو هاشم الجعفري ، فقال : يا أ يُّها الامير ! إنّك لتهنّأ بقتل رجل لو كان رسول الله (ص) حيّاً لعُزّي به ، فما ردّ عليه محمّد شيئاً (64) .