بعد هذا العمر المليء بالعلم والعمل، والسعي والجهاد، والفضل والتقوى، فارق حفيد الرسول الاعظم (ص) ، الامام جعفر بن محمّد الصادق (ع) الحياة الّتي لم يُرَ فيها إلا : عالِماً زاهداً ، مدافعاً عن الحقّ والعدل ، داعياً إلى الله تعالى ، فاعلاً للخير ودالاًّ عليه ، ناهياً عن الشرّ ومحذِّراً منه ، محتسباً منيباً إلى الله تعالى ، صابراً على كل ما أصابه من ظلم وجور ، منيراً للاُمّة طريق سعادة الدارين ، رافعاً للأجيال راية الكفاح من أجل الحفاظ على شريعة الله تعالى ، ومقاومة كل ضلال وانحراف أو بدعة أو هوىً .
انتقل الامام إلى جوار ربّه في شهر شوّال سنة (148 هـ ) ، وكانت وفاته (ع) بالمدينة المنوّرة ، ودُفِنَ في مقبرة البقيع مع أبيه وجدّه وجدّته فاطمة الزّهراء (ع) وعمّه السبط الحسن بن عليّ (ع) .